Nous sommes à la fin de la saison 3. Lorsque les Asurans, des réplicateurs crées par les Anciens pour contrer les attaques des wraiths, ont envoyer un satellite en orbite autour d'Atlantica pour détruire Atlantis à l'aide d'un rayon destructeur qui passe à travers un vortex. Celui-ci provenant d'une porte des étoiles accrochée au satellite.
Alors que tout semblait perdu, John Sheppard et Mc Kay eurent une idée. Une brillante idée, il faut le reconnaître. Ils firent décoller la citée mais pas sans quelques dégâts : la salle de contrôler fut temporairement directement atteinte par le rayon et blessa une dizaine de personnes, dont le docteur Elizabeth Weir.

Au bout de quelques minutes, l'hyperespace s'interromput. Ce fut à ce moment que le docteur Meredith Rodney McKay remarqua que l'E2PZ était à plat et qu'il fallait trouver un moyen de retourner sur une planète avant les 24 heures, sinon, ils mourraient tous.
Ils y arrivèrent mais avec une grosse surprise : le satellite Asuran était toujours là. Le commandant du vaisseau Appolo prit alors une décision qui lui coûta la vie : il se sacrifia pour Atlantis et réussit, en fonçant vers le satellite, à détruire ce dernier.
Atlantis n'a donc plus aucune source d'énergie à ce moment et s'alimente sur la géothermie de la station sous-marine. Elle a à peine d'énergie pour alimenter les systèmes primaires excepté le bouclier.
Et par dessus-tout, le docteur Elizabeth Weir est entre la vie et la mort...